Музей Научный ДВГУ во Владивостоке был открыт в 1999 году. Открытию предшествовала история создания Научного музея ДВГУ, которая имеет вековую давность и начинает отсчет с Восточного института. Один из примеров музейной деятельности того время - коллекция оружия и этнографическая коллекция, собранные А. В. Рудаковым, директором Восточного института. С 1899 года по 1939 год сохранилась лишь некоторая часть всех предметов собранных преподавателями и студентами Восточного института, ставшего затем Государственным дальневосточным университетом, а позже Дальневосточным государственным университетом (ДВГУ). Однако, несмотря на все сложности, отдельные ученые-энтузиасты продолжали сбор музейных предметов.
С 1956 года музейная деятельность стала развиваться по факультетам. В 1957 году зав. Кафедрой зоологии ДВГУ П. Г. Ошмарин выступает инициатором создания Зоологического музея и первой экспедиции на озеро Ханка. Материалы, собранные в этой экспедиции и положили начало комплектованию будущих коллекций зоологического музея. На историческом факультете по инициативе доцента Д. Л. Бродянского появляется Археологический музей, пополняемый уникальными экспонатами от палеолита до средневековья, найденных во время раскопок в Приморье. В то же время на историческом факультете Э. Н. Осокина создает Этнографический музей, основу которого составляют одежда, предметы быта и труда переселенцев и удэгейцев. Кроме того, в отделе редкой книги в университетской библиотеке имелись уникальные рукописные и печатные издания, являющиеся шедеврами мировой культуры.
Для размещения Научного музея ДВГУ было выделено здание, являющееся памятником архитектуры. После реставрации здания Научный музей ДВГУ с Музеем истории ДВГУ, Зоологическим музеем, Музеем археологии и этнографии, Музеем редкой книги и Ботанической коллекцией расположился на трех этажах специально оборудованного помещения.